Il primo documento su Bubbio risale al 1142, anche se il luogo era già abitato in epoca romana. Bubbio appartiene a Bonifacio Minore di Cortemilia, figlio di Bonifacio Mar chese del Vasto. Nel 1205 Bubbio viene ceduto a Manfredo II di Saluzzo per 200 lire!
Nel XIII secolo si configura l'aspetto attuale del paese intorno alla via maestra Via Magistra loci Bubii.
Nel 1300 Bubbio appartiene al marchese di Saluzzo e poi a quello del Monferrato.
Nel 1321 Oddone IV del Carretto, figlio di Manfredo Il donava ad un certo marchese Nano di Ceva anche la quarta parte di Bubbio, insieme ad altri possedimenti. Dopo pochi anni, tuttavia, Bubbio risulta nuovamente sotto il dominio di Manfredo III, figlio di Manfredo II.
Un diploma di Carlo IV del Lussemburgo del 1355 conferma a Giovanni di Monferrato l'investitura di tutte le terre appartenenti ai discendenti di Aleramo, tra cui anche Bubbio.
Nel 1464 Bubbio ottiene gli Statuti proprii comunali (conservati ancora nella Biblioteca reale di Torino) dai quali sono evidenti le attività agricole e artigianali cui; dedicava la popolazione. Bubbio ostacola con ogni mezzo i Savoia e nel 1615 tenta di impedire il passaggio delle truppe sabaude.
Nel quadro europeo della pace seguita alle guerre di successione, il 7 luglio 1708 l'imperatore Giuseppe I aggrega il Monferrato al Piemonte. Il nuovo ordine territoriale determinato dall'unificazione del Piemonte viene interrotto solo dalla parentesi napoleonica, in cui anche Bubbio ebbe a soffrire il passaggio di vari eserciti.
All'epoca dell'annessione ai domini sabaudi il paese versava in una situazione di grave crisi: la popolazione, prima assai più numerosa, era scesa nel 1774 a 1035 abitanti pur non venendo mai meno i servizi essenziali, come la scuola. Un certo don Sebastano Sicia, maestro e prete, viene pagato lire 200 per il suo operato da giugno 1736 a tutto marzo 1737. Nell'Ottocento le cose migliorano decisamente, al punto che nel 1848 i Bubbiesi sono già 1402.
La situazione si mantiene invariata fino al secondo dopoguerra. Sono numerosi i Bubbiesi caduti nelle guerre mondiali, come ricorda il bel monumento posto nei giardini pubblici.
Come in altri paesi dei dintorni, Bubbio sviluppa un'agricoltura di avanguardia, soprattutto nel settore viticolo ed enologico e successivamente vede l'apertura di uno stabilimento industriale per la lavorazione di acciai che rappresenta un notevole polo occupazionale per la valle.